ERA’S JOURNAL OF MEDICAL RESEARCHVOL.3 NO.2
  Review Article


ANAPLASTIC LYMPHOMA KINASE (ALK) GENE REARRANGEMENT 

DETECTION USING FLUORESCENE IN–SITU HYBRIDIZATION (FISH) IN 

                    LUNG CANCER PROGNOSTICATION

 Alok Singh, A.N. Srivastava, Pooja Singh.
                                  Department of Pathology

            Era's Lucknow Medical College and Hospital, Lucknow, U.P., India. 

                                                                    Received : August 2016
ABSTRACT
                                                                    Accepted : October 2016
Lung cancer is a leading cause of cancer related death worldwide. It is 
increasing at a very fast rate in both men and women. Some significant 
                                                                    Address for correspondence 
mutations occurring at molecular level in lung adenocarcinoma, like ALK, 
     Dr. Anand Narain Srivastava
EGFR, KRAS, MET, and, ALK (anaplastic lymphoma kinase) gene 
                                                                Director Research & Consulting 
mutations for an ALK encoded transmembrane receptor tyrosine kinase 
                                                                Faculty, Department of Pathology, 
domain and subsequently participating in the progression of Non–Small Cell 
                                                              Era's Lucknow Medical College and 
Lung Adenocarcinoma (NSCLC). Some fusion partner genes involved in this 
                                                                  Hospital, Lucknow, U.P., India.
process are EML–4, KLC1, KIF5B and TFG. The ALK–EML–4 
                                                                Email: ans4csmmu@gmail.com 
rearrangement is the second most common oncogenic mutation in the non–
                                                                  Phone no:+91–9415409779 
small cell lung adenocarcinoma. There is 3–7% ALK mutation occurring in 
early or never–smokers in accompanying NSCLC. The NSCLC with ALK 
gene mutation generally do not have EGFR or KRAS gene mutation which 
are also molecular markers, which get mutated in cancer. For the detection of 
ALK mutation in NSCLC, different types of techniques like Fluorescence in 
situ Hybridization (FISH), Immunohistochemistry (IHC) and Reverse Transcriptase–Polymerase Chain Reaction 
(RT–PCR) are being used. On the basis of sensitivity and specificity, FISH is gold standard in detecting the mutation 
when compared with other methodologies like IHC and RT– PCR. However in the Indian setting, FISH is more 
expensive and hence not available everywhere. In this review the efficacy of these different techniques in detecting 
ALK mutation and the detailed interpretation of results obtained with FISH has been discussed. For the treatment of 
ALK/MET mutated NSCLC patients an orally administered drug, crizotinib drug (tyrosine kinase inhibitor) has been 
approved by Food and Drug Administration (FDA) of United States. Highly sensitive and specific techniques are used 
for the detection of ALK gene mutation in NSCLC patients which have to be given for crizotinib treatment.

Keyword: Anaplastic Lymphoma Kinase; Non–Small Cell Lung Carcinoma; Polysomy.

                                                  development lung cancer.5,6 Some vegetables and 
INTRODUCTION
                                                fruits help in the protection from lung cancer risk, 
                                                  according to Sankaranarayanan et al.(1994) the green 
Lung Cancer 
                                                vegetable and banana reduces the risk of lung cancer. 
Nowadays lung cancer is one of the most common 
                                                Onion and Pumpkin also reduce the risk of lung cancer. 
causes of cancer related deaths worldwide in both men 
                                                On the contrary, the animal fat and dietary cholesterol 
and women, nearly more than one million deaths occur 
                                                increase the lung cancer risk.7 
per year due to this dreaded disease.1 According to 
America cancer society (2016), death rate due to lung 
cancer is more than breast cancer, prostate cancer and 
                                                Small Cell Lung Carcinoma (SCLC) 
colorectal cancer in the world.2 The 5 years survival in 
                                                The metastasis rate is very high with this cancer and it 
    EJMR
cases of lung cancer is only 15%. Hence necessity for 
                                                contributes to about 15% of all types of lung cancer.2 
searching more targeted and effective therapeutic drug 
                                                According to Sorensen M. (2010) tobacco smoking is 
for its treatment is the need of the hour.3 On the basis of 
                                                the main cause of SCLC.8 In SCLC, gene mutation has 
cell shape and size the lung cancer is divided in two 
                                                been found to occur in C–myc, L–myc, N–myc, C–raf 
types, Small cell carcinoma (SCLC) and Non–small 
                                                  (oncogene) Rb and p53 (tumour suppressor gene). 
cell lung carcinoma (NSCLC).There are various 
                                                Molecular studies have shown that the lung cancer is 
causes of lung cancer viz tobacco smoking, (cigarette 
                                                caused by genetic abnormalities due to deletion or 
      followed by exposure to asbestos, arsenic, 
                                                  translocation of the DNA sequences, which play the 
chloromethyle, and radiation. These exposures cause 
                                                main role in cancer development. The genes where 
genetic mutation in the patients leading to the 


                                            29ANAPLASTIC  LYMPHOMA  KINASE  (ALK)  GENE  REARRANGEMENT  DETECTION  USING  FLUORESCENE  IN–SITU  HYBRIDIZATION  (FISH)  IN LUNG CANCER PROGNOSTICATION


                                                  inversion between ALK and EML–4 gene.17 There are 
mutation causes lung cancer may be proto–oncogene 
                                                several types of genes involved in the fusion with ALK 
or tumour suppressor gene. After mutation, the proto–
                                                gene which participates in the NSCLC development 
oncogene is converted into oncogene which causes 
                                                such as KLC1, KIF5B and TFG gene 20 but EML–4 is 
carcinogenesis. The tumour suppressor gene 
                                                  predominant fusion partner. The fusion of ALK and 
suppresses the formation of tumour but after mutation 
                                                EML–4 on chromosome '2p' has also been observed in 
it is converted into tumour promoting gene that may 
                                                  non–smokers, light smoker and young age patients.22 
help in develop of the cancer.9,10 
                                                EML4–ALK fusion is found with wild type EGFR and 
                                                KRAS gene.23 
Non–Small Cell Lung Carcinoma (NSCLC) 
NSCLC is a well–known type of lung cancer and 
                                                  Targeted Therapy 
constitute nearly 85% in all type of lung carcinoma. 
                                                United States, FDA approved ALK/MET and ROS1 
NSCLC metastasizes slower than small cell lung 
                                                tyrosine kinase inhibitor Crizotinib in August 2011, as 
carcinoma and its diagnosis is very difficult in 
                                                a therapeutic drug for NSCLC.24 This drug is taken up 
comparison to SCLC in early stage. Approximately 
                                                orally and it interferes with the constitutive 
70% of cases of NSCLC are diagnosed at advanced 
                                                  phosphorylating activity of the tyrosine kinase domain 
stage.2 The gene which are associated with NSCLC 
                                                of ALK receptor.25 EGFR tyrosine kinase inhibitor 
are EGFR, ALK, KRAS, HER2, PI3KCA, MAP2K1, 
                                                does not have affinity to inhibit the ALK mutated 
BRAF, MET3 N–ras, H–ras, C–raf, p16, Rb.9,10 
                                                tyrosine kinase activity of the receptor.26 The copy 
                                                number of ALK gene with its fusion partner increases 
Lung Cancer in Indian Scenario 
                                                in cases of crizotinib resistance. ALK gene fusion copy 
Ito. Y et al. (2007), reported that the 5 year survival of 
                                                number is detected in each cell before and after 
NSCLC in India was 12–14% and in case of SCLC was 
                                                crizotinib treatment using fluorescence in situ 
only 2–3%.11 Ferguson MK. et al. (2000) have found 
                                                  hybridization method. The copy number increases 
better survival with squamous cell carcinoma in 
                                                nearly more than 2 time of ALK gene rearrangement in 
comparison to other types of lung carcinoma.12 
                                                every cell after the treatment than before treatment 
Radzikowska E. et al. in 2003 reported that women 
                                                with crizotinib in the samples and sometimes it may be 
have better survival rate in comparison to men. 
                                                >4 times.27 An increased copy number of non–
However, some workers have found an opposite 
                                                rearranged ALK gene signals correspond to polysomy 
trend.13 
                                                (≥ 4 ALK copies in ≥ 10% cell nuclei in figure 1) or 
                                                ALK amplification (≥10 ALK copies in ≥10% cell 
                                                nuclei). The ALK gene copy number observed in 10% 
Anaplastic Lymphoma Kinase Gene (ALK)
                                                to 39% of nuclei is considered as low grade polysomy, 
The ALK gene occurs on short arm (p) of chromosome 
                                                whereas >40% of nuclei is taken as high grade 
number two (2p23),14 which codes a transmembrane 
                                                  polysomy (Cappuzzo et al. 2005).28
    receptor protein (receptor tyrosine kinase), a 
member of the insulin like tyrosine receptor kinase 
superfamily.15 Generally the expression of receptor 
                                                Screening Techniques 
tyrosine kinase is not noticed in lung cancer.16 In 
                                                IHC, FISH, and RT–PCR are in use for the detection of 
2007, Soda et al. revealed a mutation causing the 
                                                ALK–EML4 fusion in NSCLC on formalin fixed 
fusion between two different genes– ALK and EML–4 
                                                paraffin embedded tissue (FFPE) sample but some 
(Echinoderm microtubule protein like four). EML–4 is 
                                                  problems occur during these experiments. For IHC 
another mutated gene, also present on short arm (p) of 
                                                and FISH the cancer tissue should be enough because 
chromosome number two (2p21), present upstream of 
                                                it is not always possible to obtain large tissue from the 
ALK gene and its mutation culminates into different 
    EJMR
                                                NSCLC patients. The tissue size is a major issue with 
types of Non–Small Cell Lung Carcinoma.17 EML–4 
                                                the IHC and FISH. FISH is a more expensive test and 
encoded protein may aid in assembly of 
                                                may not be suitable for mass screening.29  RT–PCR for 
microtubules.19 Fusion between ALK and EML–4 
                                                detecting ALK–EML–4 mutation is not easy like FISH 
results in the constitutive kinase activity of ALK 
                                                and IHC because it requires sufficient quantity of RNA 
receptor tyrosine kinase that induces the abnormal 
                                                for the experiment and the RNA extraction should be 
proliferation of cells which cause cancer like lung 
                                                done instantly after the sample collection from the 
carcinoma.18 According to Soda et al. (2007) 
                                                NSCLC patients for the feasibility of the result. More 
signaling part of ALK receptor tyrosine kinase is fused 
                                                  researchers have studied ALK mutation in NSCLC, by 
with the N– terminal end of EML–4 protein due to 
                                                Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction 


                                            30 – Dec 2016ERA’S JOURNAL OF MEDICAL RESEARCHVOL.3 NO.2Jul














                      Fig.1: It is showing polysomy of ALK gene
                                              clones (ALK1, 5A4 and D5F3) showing variation in 
(RT–PCR),Immunohistochemistry(IHC)and 
                                                sensitivity and specificity (Table–2), are available in 
Fluorescence In–Situ Hybridization (FISH). To 
                                              the market for the analysis of ALK gene mutation 
determine the ALK mutation in NSCLC patients,IHC 
                                                detection in NSCLC cases using 
is cheap as compared to other techniques but it does 
                                                immunohistochemical techniques.31 Thunnissen 
not give confirmatory results. FISH and RT–PCR 
                                              et,al. (2012) described the recent challenges in the 
provide confirmatory results. On the basis of 
                                                standardization of IHC for ALK mutation detection in 
sensitivity and specificity, the FISH is a gold standard 
                                              NSCLC patients like tissue preparation, antibody 
method for the analysis of the ALK gene 
                                                alternatives, signal intensity improvement and exact 
rearrangement in NSCLC patients (Table 1).30
                                              scoring. The benefits of IHC are that it is less 
                                              expensive technique, easy to interpret the result by 
Immunohistochemistry 
                                                general pathologists, less time taking technique. 
There are different types of monoclonal antibody 

 
                                                            IMMUNOHISTOCHEMISTRY
 
TECHNIQUES ADVANTAGES DRAWBACKS 
                        1. Costly 
        1. On FFPE tissue 
Fluorescent in–situ 
        2. It can distinguish any
Hybridization

                                                        Negative case                   Positive Case
      1. It is cheap in comparison
                        1. Unique antibodies are
                          not present in the market
Immunohistochemistry 
 

                      1.  It cannot identify 
                           different fusion. 
        1. Require a smaller 
                      2. Chances of RNA 
RT–PCR 
            amount material 
                          degradation  


                                                      Negative (Non ALK Gene Positive (ALK gene 
Table 1. Advantages and disadvantages of different 
                                                            Re–arrangement)Re–arrangement
    EJMR
types of techniques for the detection of ALK–EML–4 
                                                Figure 2. Difference between Immunohistochemistry 
rearrangement in Lung Adenocarcinoma.36
                                              and FISH Interpretation of ALK Mutation in NSCLC.32
  
                                                Fluorescence in– situ Hybridization for ALK 
However, it has been recently seen that ALK mutation 
   
                                                Mutation Analysis 
by IHC in NSCLC require further scrutiny and 
validation using FISH because sometimes IHC 
                                              For the interpretation of ALK mutation of 2p23 locus 
positive cases become negative after the FISH 
                                              in NSCLC patients a FDA approved diagnostic probe 
interpretation (Figure–2).32 
                                              kit is available in the market known as Vysis LSI ALK 
                                              dual colour Break Apart Rearrangement Probe (United 


                                            31ANAPLASTIC  LYMPHOMA  KINASE  (ALK)  GENE  REARRANGEMENT  DETECTION  USING  FLUORESCENE  IN–SITU  HYBRIDIZATION  (FISH)  IN LUNG CANCER PROGNOSTICATION


                                                diameter (Positive) (d) One fused and one separate 
State). The probes are of two types for the same gene 
                                                red signal which is presenting green signal deletion 
which are labeled with two different colour green and 
                                                but it will be considered as positive.
orange (Red) fluorochromes which bind at a specific 
DNA target sequence (fig.–3).33 In non ALK mutated 
cells the green and orange signals are fused or less than 
two diameters distance. In case of gene rearrangement 
of ALK gene with EML–4 gene, the orange and green 
signals appears separately (>2 diameter) and one fused 
signals, sometimes due to deletion, only one orange 
and one fused signal appear (fig.–4).










Figure 3. Rearrangement pattern of ALK gene with 
EML–4 gene by the help of dual colour ALK break 
 
apart probe.
                                                Figure 5. Signal patterning of ALK FISH result analysis
                                                35

                                                The interpretation criteria are 50% cells should be 
 
                                                positive out of 50 cells.34 Signal patterning for 
                                                positive and negative nucle i is given bellow (fig.–5). 
                                                Thunnissen E et al. (2012) reviewed that if the tissue 
                                                sample has less than five nuclei (10%) are positive, 
          (a)                 (b)                 (c)                   (d)
                                                then the sample will be considered as FISH negative or 
                                                if the number of positive nuclei are 10–50 % in this 
                                                case, a second expert should evaluate the result after 
Figure 4. Showing FISH result interpretation in 
various type (a) Showing two fused (red and green) 
                                                that if average of two evaluator is at least 15% then the 
signals (Negative) (b) Show one fused and one break 
                                                sample will be considered as FISH positive otherwise 
apart signal but less than two diameter (Negative) (c) 
                                                equivocal (fig.–6).
One fused and one break apart signal of more than two 

Immunohistochemistry 
                        5A4
                                D5F3
                ALK1
Comparison

Sensivity (%) 
                  100 100 100 

    EJMR
                  999899
Specificity (%) 

Posive Predicve
                  5454
                          39
Value 

Negave Predicve
                  100 100100 
Value 
Table 2. Showing comparison of different
                                                Figure 6. This diagram is showing interpretation 
 types of antibodies (Selinger et al. (2013).31
                                                  criteria



                                            32 – Dec 2016ERA’S JOURNAL OF MEDICAL RESEARCHVOL.3 NO.2Jul



Table 3. ALK deregulated protein in different types of cancer (Taken from the review of Shackelford et al.2014)

Tumor Type
                          ALK AberrationALK Mutation Percentage


                  Fusion between EML–4 and ALK 
Non–Small cell lung
                                                        3–7% of NSCLC are ALK positive 37
                  on 2p arm of the chromosome
carcinoma


                                                        ALCL are 60–85% +ve, rare fusion with 
                        ALK–Nucleophosmin 
Anaplastic Non–Hodgkin
                                                      ATIC, MYH9, ALO17, TPM3, TPM4, TFG,
                      chromosomal translocation
Lymphoma's (ALCL)
                                                                MSN and ALTC 38

                                                          250 fold increased phosphor–ALK 
                      Over Expression of ALK
Basal cell cancer
                                                      expression in near about 100% of BCCs 39

                                                    ALK is over expressed , lowering ALK expression,
                      Over Expression of ALK
Glioblastoma
                                                         decreases glioblastoma tumor growth 40

                                                          2.4%  positive rearrangement 80% 
                                                          inammatory breast carcinoma show 
Breast Carcinoma
                          ALK–EML–4 fusion
                                                        increased ALK protein expression 41

                                                      ALK shows over expression in over 50%
                                                       of cancer. Nearly 12.4% of cancer carry
                      Over expression of ALK
Neuroblastoma
                                                       ALK point mutation which are common
 
                                                             in familial neuroblastoma42

                                                      ALK over expressed in 2–4% of ovarian 
                                                        cancers, one stromal carried a FNI–ALK 
                      Over expression of ALK
Ovarian carcinoma
 
                                                                  fusion protein43

                                                    6.9% of acral melanomas were ALK positive, 
                                                    ALK breakpoints suggest that translocations
                      Over expression of ALK
Melanoma
 
                                                                  are present44

Anaplastic thyroid L1198F and G1201E amino acid changes
                    ALK activating point mutation
 
  carcinoma
                                                    result in constitutive  ALK kinase activation45 


 
                                                    2.4% fusion positive by exon array proling46
Colorectal carcinoma
                          ALK–EML4 fusion


                                                    1 case in 46 extramedullary plasmacytomas 
Extramedullary 
                        ALK over–expression 
                                                      was ALK posive by immunohistochemistry 
plasmacytoma 
 
                                                                and FISH analysis47

    EJMR
  Esophageal 
                                                    TPM4–ALK fusion oncoprotein type 2 found in
                          TPM4–ALK fusion 
 
squamous cell carcinoma  
                                                                 ~20% of cases48 

                                                      ALK translocaons with EML4, TPM3, and 
                                                    VCL fusion partners, the translocaons appear
                        Several translocations 
Renal carcinomas 
 
                                                           to occur at a low frequency49





                                            33ANAPLASTIC  LYMPHOMA  KINASE  (ALK)  GENE  REARRANGEMENT  DETECTION  USING  FLUORESCENE  IN–SITU  HYBRIDIZATION  (FISH)  IN LUNG CANCER PROGNOSTICATION



Table 4. Mechanism of crizotinib resistance (Taken from the review of Shackelford et al.2014) 

Crizotinib resistance mechanismExplanation

                                      Two cases; one with and one without an ALK mutation, 
ALK Copy Number Gain 
                                      4–5–fold increased expression 50

                                                  5 fold –KIT amplication 51
          c–Kit

                                    Alters ALK crizotinib binding cavity, reducing crizotinib–protein
  C1156Y EML–ALKpm* 
                                   interactions 52

                                A mutation–specic strong H–bond pulls crizotinib out of the 
  G1202R EML–ALKpm
 
                                  position found in the non–crizotinib resistant EML–ALK fusion gene53

                                    Mutation resistant to crizotinib and the structurally unrelated 
  L1152R EML–ALKpm 
                                    compound TAE684  54 

                                    Lowers crizotinib–protein afnity by eliminating two H–bonds 
    S1206Y EML–ALKpm 
 
                                    between crizotinib and the ALK binding site53 

 
                                      Thr insertion is predicted to alter ATP binding to ALK51 
          1151Tins 


                                        Gly→Ala reduces crizotinib binding ATP–binding pocket
    G1269A EML–ALKpm 
 
                                      by steric hindrance50 

                                        L585R mutation in one case, other cases often show 
    EGFR Alterations 
 
                                        in EGFR and EGFR amplication50 


                                            G12C and G12V activating KRAS mutations 50  
      KRAS Mutations 


    L1196M EML–ALKpm
                                            Gatekeeper residue mutation blocks binding 51

            *pm=Point Mutation

                                                used as a second confirmatory tool whenever FISH is 
CONCLUSION
                                                not available. 

Immunohistochemistry seems to be the most reliable 
                                                  References: 
screening technique for large–scale clinical practice, 
when performed with different types of sensitive 
antibody clones. For initial routine workup molecular 
                                                  lAmerican Cancer Society. Cancer Facts and 
technique in NSCLC should be IHC followed by ALK 
                                                        Figures 2007. Atlanta, Ga: American Cancer 
FISH as a confirmatory test of IHC positive cases. 
                                                        Society, 2007;(1);18–28.
    EJMR
Using ALK FISH break–apart probe for ALK gene 
rearrangement analysis in NSCLC is documented as 
                                                  lAmerican cancer society. Cancer Facts and 
gold standard diagnostic criteria for ALK tyrosine 
                                                        Figures 2016. Atlanta, Ga: American Cancer 
kinase inhibitor therapy, the screening algorithm for 
                                                        Society; 2016;(4);69–89.  
detection of ALK–rearranged lung cancer is still under 
                                                  lSchiller JH, Harrington D, Belani CP, et al. 
development. Many studies are being conducted for 
                                                        Comparison of four chemotherapy regimens 
the standardization of IHC and FISH technique as well 
                                                      for advanced non–small–cell lung cancer. N 
as assessment of the sensitivity and specificity of IHC 
                                                        Engl J Med. 2002; (346); 92–98.
as a screening method. After FISH, RT–PCR can be 



                                            35 – Dec 2016ERA’S JOURNAL OF MEDICAL RESEARCHVOL.3 NO.2Jul


                                                      in non–Hodgkin's lymphoma, encodes a novel 
lBehera D, Balamugesh T. Lung Cancer in 
                                                        neural receptor tyrosine kinase that is highly 
India. Indian J Chest Dis Allied Sci. 
                                                        related to leukocyte tyrosine kinase (LTK). 
    2004;(46);269–281.
                                                        Oncogene. 1997;14(18);2175–88.
lGupta D, Boffetta P, Gaborieau V, Jindal SK. 
                                                lSoda M, Choi YL, Enomoto M, et al. Takada S, 
Risk factors of lung cancer in Chandigarh, 
                                                        Yamashita Y, Ishikawa S, Fujiwara S, 
India. Indian J Med Res. 2001;(113);142–50.
                                                        Watanabe H, Kurashina K, Hatanaka H, Bando 
lCoultas DB, Samet JM. Occupational lung  
                                                      M, Ohno S, Ishikawa Y, Aburatani H, Niki T, 
  cancer. Clin Chest Med. 1992;(13);341–354.
                                                        Sohara Y, Sugiyama Y, Mano H. Identification 
                                                      of the transforming EML4–ALK fusion gene in 
lSankarnarayanan R, Varghese C, Dugffy SW, 
                                                        non–small–cell lung cancer. Nature. 
  Psdmakumary G, Day NE, Nair MK. A case 
                                                          2007;(448);561–566.
  control study of diet and lung cancer in Kerala, 
  South India. Int J Cancer 1994;(58);644–649.
                                                lMa Z, Cools J, Marynen P, et al. Inv(2) 
                                                        (p23q35) in anaplastic large–cell lymphoma 
lSørensen M, Pijls–Johannesma M, Felip E. 
                                                        induces constitutive anaplastic lymphoma 
  Small–cell lung cancer: ESMO Clinical 
                                                        kinase (ALK) tyrosine kinase activation by 
  Practice Guidelines for diagnosis, treatment 
                                                        fusion to ATIC, an enzyme involved in purine 
and follow–up. Annals of Oncology. 2010;(21); 
                                                        nucleotide biosynthesis. Blood. 
  120–125.
                                                        2000;95(6):2144–9.
lJockel KH, Ahrens W, Wichmann HE. 
                                                lPollmann M, Parwaresch R, Adam–Klages S, 
  Occupational and environmental hazards 
                                                      et al. Human EML4, a novel member of the 
  associated with lung cancer. Int J Epidemiol. 
                                                        EMAP family, is essential for microtubule 
    1992;21(2);202–13.  
                                                        formation. Exp Cell Res. 
lMinna JD. Genetic events in the pathogenesis 
                                                        2006;312(17):3241–51.
of lung cancer. Chest. 1989;(96);17S.
                                                lTogashi Y, Soda M, Sakata S, Hatano S, et al. 
lIto Y, Ohno Y, Rachet B, et al: Cancer survival 
                                                        KLC1–ALK: a novel fusion in lung cancer 
  trends in Osaka, Japan: the influence of age and 
                                                        identified using a formalinfixed paraffin–
  stage at diagnosis. Jpn J Clin Oncol. 2007; 
                                                        embedded tissue only. PLoS One. 
  37(37);452–8.
                                                        2012;7(2);31323.

lFerguson MK, Wang J, Hoffman PC, et al: Sex–
                                                lWu Y–C, Chang I–C, Wang C–L, et al. 
  associated differences in survival of patients 
                                                        Comparison of IHC, FISH and RT–PCR 
  undergoing resection for lung cancer. Ann 
                                                        Methods for Detection of ALK 
  Thoracic Sur. 2000;69(1);245–9.
                                                          Rearrangements in 312 Non–Small Cell Lung 
                                                        Cancer Patients in Taiwan. PLoS One. 
lRadzikowska E, Gtaz P, Roszkowski K: Lung 
                                                        2013;8(8);70839.
  cancer in women: age, smoking, histology, 
  performance status, stage, initial treatment and 
                                                lHorn L, Pao W. EML4–ALK: honing in on a 
  survival. Population–based study of 20 561 
                                                      new target in non–small cell lung cancer. J Clin 
cases. Ann Oncol. 2002;13(7);1087–93.
                                                        Oncol. 2009; (27); 4247–53.

lMorris SW, Kirstein MN, Valentine MB: 
                                                lShaw AT, Yeap BY, Mino–Kenudson M, et al. 
Fusion of a kinase gene, ALK, to a nucleolar 
                                                        clinical feature and outcome of patients with 
    EJMR
  protein gene, NPM, in non–Hodgkin's 
                                                        non–small cell lung cancer harboring EML4–
  lymphoma. Science.1994;263(5151);1281–4.
                                                        ALK. J Clin Oncol. 2009;(27);4247–4253.

lStoica GE, Kuo A, Power C, et al. Bowden ET, 
                                                lOu SH, Kwak EL, Siwak–Tapp C, et al. 
Sale EB, Riegel AT, Wellstein A Midkine binds 
                                                        Activity of crizotinib (PF02341066), a dual 
to anaplastic lymphoma kinase (ALK) and acts 
                                                          mesenchymal–epithelial transition (MET) and 
as a growth factor for different cell types.J 
                                                        anaplastic lymphoma kinase (ALK) inhibitor, 
  BiplChem. 2002;277(39);35990–8.  
                                                      in non small cell lung cancer patient with de 
                                                        novo MET amplification, J Thorac Oncol. 
lMorris SW, Naeve C, Mathew P, et al. ALK, the 
                                                      2011; (6);942–6.
  chromosome 2 gene locus altered by the t(2;5) 


                                            36ANAPLASTIC  LYMPHOMA  KINASE  (ALK)  GENE  REARRANGEMENT  DETECTION  USING  FLUORESCENE  IN–SITU  HYBRIDIZATION  (FISH)  IN LUNG CANCER PROGNOSTICATION


                                                            datasheet.Availableat:http//www.abbottmolec
lChristensen JG, Zou HY, Arango ME, et al. 
                                                          ular.com/static/cms. Accessed August 
  Cytoreductive antitumor activity of PF–
                                                        2011;(47);78–169.
  2341066, A novel inhibitor of anaplastic 
  limphoma kinase and c–Met, in experimental 
                                                  lWojas–Krawczyk K, Krawczyk PA, 
models of anaplastic large–cell lymphoma, 
                                                        RamlauRA et al. The analysis of ALK gene 
Mol cancer Ther. 2007;6(12 ); 3314–3322.
                                                        rearrangement by fluorescence in situ 
                                                        hybridization in non small cell lung cancer 
lKwak EL, Bang YJ, Camidge DR, et al. 
                                                        patients. ContempOncol (Pozn). 2013;17 
  Anaplastic lymphoma kinase inhibitor in non–
                                                        (16);484–92.
      cell lung cancer. Nengl J Med. 2010; 
  (363);1693–1703.
                                                lGandhi L, Janne PA. Crizotinib for ALK–
                                                        rearranged non–small cell lung cancer: anew 
lDoebele RC, Pilling AB, Aisner DL, et 
                                                        targeted therapy for a new target. Clin Cancer 
  al.Mechanism of resistance to crizotinib in 
                                                        Res. 2012;18(14);3737–42.
  patients with ALK gene rearranged non–small 
cell lung cancer. Clin Cancer Res. 2012; 
                                                  lHallberg B,Palmer RH. Mechanistic insight 
  (18);1472–82.
                                                      into ALK receptor tyrosin kinase in human 
                                                        cancer biology. Nat Rev Cancer. 
lCappuzzo F,Hirsch FR,RossiE, et al. 
                                                        2013;(13);685–700. 
  Epidermal growth factor receptor gene and 
  protein and gefitinib sensitivity in non–small 
                                                lPulford K, Lamant L, Espinos E, et al. The 
cell lung cancer. J Natl Cancer Inst. 2005; 
                                                        emerging normal and disease–related related 
  (97);643–55.
                                                      roles of anaplastic lymphoma kinase. Cell Mol 
                                                      Life Sci. 2004;(61);2939–53.
lMitsudomi T, Yatabe Y, Akita H, et al.  
  Guidance for ALK gene testing in lung cancer 
                                                lNing H, Mitsui H, Wang CQ, et al. 
  patients, Biomarker Committee, the Lung 
                                                        Identification of anaplastic lymphoma kinase 
  Cancer Society. 2011;(14);48–69.
                                                      as a potential therapeutic target in Basal Cell 
                                                        Carcinoma. Oncotarget. 2013; 4(12);2237–48.
lZhang YG, Jin ML, Li L et al. Evaluation of  
  ALK rearrangement in Chinese non small cell 
                                                  lBilsland JG. Wheeldon A, Mead A, et al. 
lung cancer using FISH, 
                                                        Behavioral and neurochemical alterations in 
    Immunohistochemistry, and real time 
                                                      mice deficient in anaplastic lymphoma kinase 
  quantitative RT–PCT on paraffin–embedded 
                                                        suggest therapeutic potential for psychiatric 
  tissue. PLoS One. 2013;31(8(5)); 64–82.
                                                        indications. Neuropsychopharmacology. 
                                                        2008;(33);685–700.
lSelinger CI, Rogers TM, Russel PA, et al. 
  Testing for ALK rearrangement in lung 
                                                lRobert FM, Ill PEF, Laere SJV, et al. Presence 
  adenocarcinoma: amulticenter comparision of 
                                                      of anaplastic lymphoma kinase in 
    immunohistochemistry and fluorescent in situ 
                                                        inflammatory breast cancer. SpringerPlus. 
  hybridization. Modern Pathology. 2013; 
                                                        2013;(2);497.
  (26);1545–1553. 

                                                lWang M, Zhou C, Sun Q, et al. ALK 
lThunnissen E, Bubendorf L, Dietel M. et al. 
                                                        amplification and protein expression predict 
  EML4–ALK testing in non small cell 
                                                        inferior prognosis in neuroblastomas. Exp Mol 
  carcinomas of the lung: a review with 
                                                        Pathol. 2013;(95);124–30.
  recommendations. Virchows Arch. 
    EJMR
  2012;(461); 245–257.
                                                lRen H, Tan ZP, Zhu X, et al. Identification of 
                                                        anaplastic lymphoma kinase as a potential 
lMarchetti A, Ardizzoni A, Papotti M et al. 
                                                        therapeutic target in ovarian cancer. Cancer 
  Recommendation for the analysis of ALK gene 
                                                        Res. 2012;(72);3312–23.
  rearrangements in non –small cell lung cancer: 
a consensus of Italian Association of Medical 
                                                lNiu HT, Zhou QM, Wang F, et al. Identification 
  Oncology and the Italian Society of Pathology 
                                                      of anaplastic lymphoma kinase  break points 
and Cytopathology. J Thorac Oncol. 2013; 
                                                      and oncogenic mutation profiles in acral 
  8(3);352–8.
                                                        mucosal melanomas. Pigment Cell Melanoma 
                                                          Res.2013;26(5);646–53.
lVysis ALK Break Apart FISH Probe Kit 


                                            37 – Dec 2016ERA’S JOURNAL OF MEDICAL RESEARCHVOL.3 NO.2Jul


                                                      cell lung cancer. Clin Cancer Res. 
lMurugan AK,Xing M. Anaplastic thyroid 
                                                          2012;18(5):1472–82.
  cancer harbor novel oncogenic mutations of 
the ALK gene. Cancer Res. 2011;71(13);4403–
                                                  lKatayama R, Shaw AT, Khan TM, et al. 
11.
                                                        Mechanisms of acquired crizotinib resistance 
                                                      in ALK–rearranged lung Cancers. Sci Transl 
lLin E, Li I, Guan Y et al. Exon array profiling 
                                                        Med. 2012;(4);120–17.
  detects EML4–ALK fusion in breast, 
  colorectal, and non small cell lung cancers. 
                                                lChoi YL, Soda M, Yamashita Y, et al. EML4–
Mol Cancer Res. 2009;7(9);1466–7
                                                        ALK mutations in lung cancer that confer 
                                                        resistance to ALK inhibitors. N Engl J Med. 
lWang WY, Gu L, Liu WP, et al. ALK positive 
                                                        2010;(363);1734–9.
  extramedullary plasmacytoma with expression 
of the CLTC_ALK fusion transcript. Pathol 
                                                lSun HY, Ji FQ. A molecular dynamics 
Res Pract. 2011;(207);587–91.
                                                        investigation on the crizotinib resistance 
                                                        mechanism of C1156Y mutation in ALK. 
lDu XL, Hu H, Lin DC et al. Proteomic 
                                                        Biochem Biophys Res Commun. 
  profiling of proteins dysregulated in Chinese 
                                                        2012;(423);319–24. 
  esophageal squamous cell carcinoma. J Mol 
Med. 2007;85(8);863–75.
                                                lSasaki T, Koivunen J, Ogino A, et al. A novel 
                                                      ALK secondary mutation and EGFR signaling 
lSugawara E, Togashi Y, Kuroda N, et al. 
                                                      cause resistance to ALK kinase inhibitors. 
  Identification of anaplastic lymphoma kinase 
                                                        Cancer Res. 2011;(71);6051–60. 
  fusion in renal cancer: large scale 
  immunohistochemical screening by the 
                                                  lThunnissen E, Bubendorf L, Dietel M et al. 
  intercalated antibody– enhanced by polymer 
                                                        EML4–ALK testing in non–small cell 
  method. Cancer. 2012;118(18);4427–36.
                                                        carcinomas of the lung: a review with 
                                                        recommendations. Virchows Arch. 2012 
lDoebele RC, Pilling AB, Aisner DL, et al. 
                                                        ;(461);245–257.
  Mechanism of resistance to crizotinib in 
  patients with ALK gene rearranged non–small 




                                                                                        ▄ ▄ ▄









    EJMR










                                            38